Unter Lesezeichen gibt's auch noch Unterordner. Ein Teil meiner Lesezeichen ist, warum auch immer, im Unterordner "unsortierte Lesezeichen".... einfach verschwinden tuen die durch ein Update normal nicht.
Für die Zukunft kannst du ab und zu mal die Lesezeichen exportieren. Damit werden alle Lesezeichen in einer Datei gesichert. Diese lassen sich dann wenn nötig einfach wieder importieren.